公開データを増やしても伸びなかった。製薬5社が手元から出さなかった2万件の構造で、タンパク質と薬の予測は36%から52%に上がった
この記事には広告(Amazon アソシエイトのリンク)を含みます。 タンパク質の形をAIが予測できるようになってから、創薬の現場で次に求められているのは「薬の分子がそのタンパク質のどこに、どんな向きで収まるか」まで当てることです。タンパク質と小さな分子をまとめてひとつの立体として予測するので、共折りたたみ(co-folding)と呼ばれます。ここが当たれば、候補の化合物を実際に合成して結晶を作る前に、かなりの数をふるい落とせます。 ところが、この共折りたたみは、タンパク質単体の予測ほどにはうまくいっていません。理由のひとつは、学習に使える手本が少ないことです。公開データベースの Protein Data Bank(PDB)には24万件を超える構造が登録されていますが、承認済みか開発中の薬が一緒に写っている構造は、およそ1万600件しかありません。AlphaFold3 が学習に使った範囲のあとにも7万件ほどが足されていますが、その多くは補酵素やイオンのような小さな相手で、薬らしい分子はあまり増えていません。 一方で、製薬会社の中には、薬の候補とタンパク質を一緒に写した構造が何千件も眠っています。自社の化合物の情報なので、外には出せません。この「あるのに使えない」データを、外に出さずに学習に使った結果が、2026年9月14日に公開されました。製薬5社が手元の2万件あまりの構造でオープンソースの予測モデルを鍛え、薬の置き場所を当てる確率を29%から47%に上げています。 なお、この記事はAIを扱っているので先に書いておくと、このブログの記事は Claude(Anthropic のAI)を使って書いています。今回の研究に Anthropic は関わっていません。 公開データだけのAIが抱えていた弱点 共折りたたみの弱さは、2026年5月に Nature Structural & Molecular Biology に載った論文が数字で示しています。バーゼル大学バイオツェントルムとスイスバイオインフォマティクス研究所(SIB)の Peter Škrinjar さんを筆頭とするチームは、既存の予測手法が学習に使った期間より後に公開された、高解像度のタンパク質と分子の複合体2,600件を集めて「Runs N' Poses」という新しい...